MEGA 4 LE安装手记

前言

MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）以其友好的界面，简单的操作，强大的功能，当然还有免费的授权方式，成为分子进化领域最为常用的软件之一，现在版本号已经更新到了4.0。但长久以来，MEGA都是只能在Windows系统下运行的，直到最近才有了基于Linux操作系统的MEGA 4 Linux Edition（LE）。但这个LE版并不完善，它其实就是个绿色软件包，还是要借助Wine做平台，所以要在Linux系统上安装MEGA，就先得安装Wine。还有一个不完善的地方是这个LE版的安装说明过于简略，只有寥寥几行，忽略了安装过程中很可能遇到的一个问题，反正照着那个安装说明我是没有装成功的而且迷茫了好久-_-!。既然如此，还是有写篇手记的必要的：）

正文

1）Wine的安装和设置

从Wine的官网上下载最新的Wine源码包，下载地址为http://www.winehq.org/site/download，现在的最新稳定版版本号为1.0.1。然后解压到本地任意文件夹
$ tar jxvf wine-1.0.1.tar.bz2

切换到解压后的目录
$ cd wine-1.0.1

为了图省事，我这里用wine自带的安装程序配置和安装的，方法如下
切换到下级目录tools
$ cd tools

运行其中的wineinstall程序
$ wineinstall

该程序会自动运行./configure，然后显示：“We need to install wine as root user, do you want us to build wine,'su root' and install Wine? Enter 'no' to continue without installing(yes/no)”，键入yes，继续安装

安装过程耗时比较长，中间会提示让输入root的密码，照办就是。
待屏幕上出现：Installation complete for now. If you have problems with Wine, please read the documentation first,as many kinds of potential problems are explained there. 表示安装成功了。

这时wine已经可以用了，可以用wine自带的写字板做检验，在任意目录下，终端中键入
$ wine wordpad
就会看到和Windows下熟悉的写字板，亲切吧，嘿嘿，试试各项功能，一切正常。

这样就算安装结束了，在终端键入
$ winecfg
就会看到一个设置面板，可以在里面按照自己的需要设置一下，如果只为用MEGA是不用改动默认设置的。

2）MEGA 4 LE的安装

首先从MEGA官网上下载最新的MEGA LE 4.0.2的rpm包，放在本地任意目录 ，下载地址为http://www.megasoftware.net/mega_linux.html

然后就要开始安装了，下面是MEGA官网上的安装说明，似乎很简单

Installation Instruction
The installation of MEGA 4 LE depends on the X kernel that you use. Most of the time, the installation will start automatically after clicking the Submit and Download button on this page. Generally, the download window will open with two options:

Option 1: Open with Software Installer
By choosing this option, the package manager will guide you through the installation.
1. You will be asked to enter your root password
2. The Installing Packages window will be open: click the Apply button to start the installation
3. The installer will check the MEGA dependencies. If the Dependencies Added window opens, then click Continue or Install Anyway to install the necessary dependencies.

Option 2: Save to disk
If you choose this option, you can install MEGA manually.
1. Login as super user or root
2. Make sure that you have RPM installed. If you don't, then key in the following command to install it:
yum install rpm
3. If you don't have WINE installed, you will need to install Wine by yum install wine
4. After you get RPM, you can install MEGA 4 LE by typing:
rpm -i MEGA-4-01.i386.rpm
or:
rpm -Uvh MEGA-4-01.i386.rpm

但实际操作起来，可就没这么轻松了，我每次我尝试用 rpm -i MEGA-4-01.i386.rpm 安装mega，都会被提示缺少wine支持，可我明明装wine了啊，问题出在哪呢？我查遍baidu, google和wiki，也没找到答案，可能是使用人群过少的缘故吧，那MEGA官网上的用户论坛中总该有人碰到过相似问题吧，结果一点告我 The User Discussion Forum is currently under development and will become available shortly. 简直ft死了...那还是自己动手，丰衣足食吧。

既然没法直接安装rpm包，那先想办法看看其中的内容吧，在网上找到一个很牛的命令，顺利将rpm包解压。终端中键入：
$ rpm2cpio MEGA-4-01.i386.rpm | cpio -idmv
这样就会看到解压出usr和var两个子文件夹

另外还得看看默认安装的话MEGA会被装到那里，运行
$ rpm -qipl MEGA-4-01.i386.rpm
就会看到rpm包中各部分文件应被安装到的目录，发现基本上都在/usr/local/bin或者/var/下面

这样就好办了，照这列出来的安装目录，把我们刚解压出的/usr和/var下面对应目录的文件拷过去了事，具体操作如下。
在root下，将刚解压出的usr文件夹中/local/bin/下的MEGA文件夹和一个名为mega的文件拷到系统目录/usr/local/bin/下。再将解压出的var文件夹中的/log/下的mega文件拷到系统目录/var/log/下。

然后再在终端中敲入
$ mega
依然会提示不能运行，但这次列出了问题所在，提示在/usr/bin/下找不到wine支持，这是当然的，因为我们的Wine默认安装在了/usr/local/bin/下面嘛，呵呵。

知道了问题出在哪里，解决起来也就容易了。找到刚才拷过去的/usr/local/bin下的那个mega文件，其实就是一个bash脚本，用文本编辑器打开。
将其中的“if [ -e /usr/bin/wine ]”一行改为“if [ -e /usr/local/bin/wine ]”，然后保存

退出root，在普通账户下，再试试，终端中输入：
$ mega
会看到弹出一个安装Mozilla ActiveX control 插件的对话框，和Windows下的对话框一样，点击安装就行了。安装完毕后会自动启动MEGA LE，现在MEGA LE已经可以正常使用了。

为了支持多用户使用，还需要把拷到/usr/local/bin下的那个MEGA文件夹及其下面所有目录和文件的权限用chmod命令改为777。
$ chmod 777 文件或目录名

对于系统的每一个独立用户，直接在终端中敲入$ mega即可运行，首次运行时会弹出安装Mozilla ActiveX control 的对话框，照办安装即可。

至此全部安装结束：）

后记

这个安装过程比昨天写的那个hmmpfam的过程要复杂一些，还是希望MEGA能早日开发出不依赖于Wine的Linux版本，也省的我们再去这样折腾了，呵呵。

BTW:
本次安装所使用的OS平台为：Redhat Enterprise Linux Server Release 5.2 (Tikanga)

HMMPfam的安装使用手记

前言

简要介绍一下HMMPfam吧。这还要从HMMER说起，HMMER是基于隐马尔可夫模型(profile HMMs)，用于生物序列分析工作的一个非常强大的软件包，而hmmpfam就是HMMER软件包中的一个重要组成部分。同时，我们还需要了解Pfam (Protein families database of alignments and HMMs)，它实际上是一个涵盖了生物蛋白质序列中常见结构域的序列及其相对应的隐马尔科夫模型的数据库，由英国的Sanger Institute维护。hmmpfam的工作原理简单的说就是将用户所提交的查询序列在Pfam库中做比对计算，然后预测出查询序列中所隐含的结构域信息。

正文

通过前面的简介，我们知道要使hmmpfam能成功运行，需要同时安装HMMER软件包和Pfam数据库。下面就让我们开始吧：）

HMMER软件包从http://hmmer.janelia.org/下载，现在的版本为2.3.2。下载下来的应该是源码压缩包，放在任意目录下解压
$ tar xvf hmmer.tar.gz

切换到解压后的目录
$ cd hmmer-2.3.2

下面运行configure进行配置，其实默认配置很简单，直接用./configure 就行了，不用加任何参数。但我自己装的时候设了以下两个参数。--enable-threads 是多线程支持，因为我是在服务器上安装，我们实验室的服务器为4颗双核CPU，因此在这里开启了HMMER对多线程的支持(默认可以使用所有可用的cpu同时进行运算），第二个参数--enable-lfs是开启对大于2G的文件的读写支持，以备不时之需。其它参数可以根据自己需要设置，我这里没有特别设定。
$ ./configure --enable-threads --enable-lfs

后面就很简单了，按部就班三步走。其中make install要在root权限下进行，默认安装路径为(程序：/usr/local/bin/ ，帮助文件： /usr/local/man/man1）
$ make
$ make check
# make install

这样HMMER就装好了，还是很简单的吧：）

下面从ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/上下载Pfam的数据库，现在的最新版本是23.0。Pfam的数据库主要有两个，Pfam_ls和Pfam_fs，我们主要使用Pfam_ls，所以就只下了这一个：Pfam_ls.gz ，解压后实际大小约700M。这里建议新建一个名字叫Pfam的工作文件夹，并把解压后的库文件放在这个文件夹下，以后做hmmpfam分析时的输入输出序列也放在这个文件夹下，这样使用起来不用特别指定目录，比较方便，个人经验，仅供参考，呵呵。

这样一切准备工作就都做好了，可以运行hmmpfam做分析啦：P

切换到Pfam目录下，并运行hmmfam程序。
$ hmmpfam --cpu 4 -E 0.0001 Pfam_ls InputSeq.fas >OutResults.fas

运行hmmpfam时我一般会设这两个参数，--cpu <n> 用于指定本次hmmpfam程序运行时使用的cpu个数，-E <n> 用于设定E-value的阈值。其实hmmpfam还提供了其它很多参数，具体使用时根据需要选用，下面简要列几个：

Usage: hmmpfam [-options]

Available options are:
-h : help; print brief help on version and usage
-n : nucleic acid models/sequence (default protein)
-A : sets alignment output limit to best domain alignments
-E : sets E value cutoff (globE) to ; default 10
-T : sets T bit threshold (globT) to ; no threshold by default
-Z : sets Z (# models) for E-value calculation

后记

回头看看这个安装过程，其实还是挺简单的，只要认真看看Manual文件，绝对没问题。
我对Linux其实也是一知半解，所以基本就是在摸着石头过河，在摸索中前进，在前进中提高嘛，呵呵。

另外，以上安装所使用的OS平台为：
Redhat Enterprise Linux Server Release 5.2 (Tikanga)

Nov 1st, New Start for This Weblog

"Nothing in Biology Makes Sense Except in the Light of Evolution"

——Theodosius Dobzhansky

想来想去，就用这句话为改版后的Blog开篇吧！ ：P